Один из самых древних христианских монастырей в Украине хорошо виден из окон поездов, следующих в Севастополь. В многочисленных пещерах, вырубленных в скале, находили убежище первые в здешних местах христиане. Кроме келий, тут есть церковь Святого Климента – тоже высеченная в скале. А по каменной лестнице из монастыря можно попасть к руинам византийской крепости Каламита.

Инкерманский пещерный монастырь расположен на правом берегу реки Черной при ее впадении в Северную бухту в окрестностях Севастополя. Основанный в VIII-IX веках монахами-иконопочитателями, бежавшими из Византии от преследований иконоборцев, он состоял из нескольких церквей и комплекса жилых и хозяйственных пещер. Все они связаны друг с другом высеченными в скале ходами и расположенной на скале крепостью Каламита, сооруженной византийцами в VI веке для защиты подступов к Херсонесу. Вход в монастырь был устроен около церкви под скалой, длинный коридор заканчивался небольшим залом с каменными скамьями, который вел в церковь Климента. Пещерные помещения снаружи скалы обозначены арочными окнами, объединенными треугольными тимпанами.

Возникновение монастыря предание связывает с культом св. Климента, римского епископа в 92-101 годах, сосланного императором Траяном за проповедь христианства в каменоломни близ Херсонеса и убитого здесь в 101 году. Мощи святого Климента, обретенные через год после его кончины, хранились сначала в подводном гроте близ Херсонеса (где были обретены), доступ в который открывался, по преданию, раз в год, когда — в день смерти праведника — море отступало; потом они были перенесены на небольшой остров (ныне — остров Казачий) посреди бухты, на котором, согласно легенде, руками ангелов была построена церковь.

Пещерный монастырь св. Климента возник в VIII-IX веках рядом с византийской крепостью (позже была перестроена генуэзцами и стала носить имя Каламита).

После захвата в 1475 году крепости Каламита турками, монастырь постепенно пришел в упадок. Крепость была переименована в Инкерман, что и дало название возникшему здесь городу. В 1850 году монастырь был возрождён и получил современное двойное наименование — по имени города и в честь св. Климента. В 1867 году был перепланирован и заново открыт пещерный храм св.Мартина исповедника. В 1895 в память о спасении царской семьи в железнодорожной катастрофе был построен храм св.великомученика Пантелеимона. C 1924 г. храмы монастыря стали постепенно закрывать. В 1931 г. богослужения прекратились в пещерных храмах, монастырь был окончательно закрыт, его имущество передано Севастопольскому музейному объединению. С 1991 года началось постепенное возрождение монастыря, были восстановлены храмы и келейные корпуса.